Bem... não sei é isso mas vamos tentar.
Quando passei as instruções de instalação, como não sabia se você queria o menu superior, o inferior ou os 2, então tomei como base o arquivo 
css-dock.html que instrui a instalação de ambos os menus.
Como você só vai utilizar o menu superior, então temos que tomar como base o arquivo 
css-dock-top.html.
Se você abrir ambos os arquivos no 
Notepad++ você verá diferenças que precisam ser corrigidas.
1- No 
overall_footer.html, 
substitua as linhas:
Código: Selecionar todos
<!--dock menu JS options -->
<script type="text/javascript">
	
	$(document).ready(
		function()
		{
			$('#dock').Fisheye(
				{
					maxWidth: 50,
					items: 'a',
					itemsText: 'span',
					container: '.dock-container',
					itemWidth: 40,
					proximity: 90,
					halign : 'center'
				}
			)
			$('#dock2').Fisheye(
				{
					maxWidth: 60,
					items: 'a',
					itemsText: 'span',
					container: '.dock-container2',
					itemWidth: 40,
					proximity: 80,
					alignment : 'left',
					valign: 'bottom',
					halign : 'center'
				}
			)
		}
	);
</script>
Código: Selecionar todos
<script type="text/javascript">
	
	$(document).ready(
		function()
		{
			$('#dock').Fisheye(
				{
					maxWidth: 50,
					items: 'a',
					itemsText: 'span',
					container: '.dock-container',
					itemWidth: 40,
					proximity: 90,
					halign : 'center'
				}
			)
		}
	);
</script>
2- Como você disse que retirou o menu inferior, então, acredito que no 
overall_footer.html você tenha 
excluído as linhas:
Código: Selecionar todos
<!--bottom dock -->
<div class="dock" id="dock2">
  <div class="dock-container2">
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>Home</span><img src="images/home.png" alt="home" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>Contact</span><img src="images/email.png" alt="contact" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>Portfolio</span><img src="images/portfolio.png" alt="portfolio" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>Music</span><img src="images/music.png" alt="music" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>Video</span><img src="images/video.png" alt="video" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>History</span><img src="images/history.png" alt="history" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>Calendar</span><img src="images/calendar.png" alt="calendar" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>Links</span><img src="images/link.png" alt="links" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>RSS</span><img src="images/rss.png" alt="rss" /></a> 
	  <a class="dock-item2" href="#"><span>RSS2</span><img src="images/rss2.png" alt="rss" /></a> 
  </div>
</div>
3- No 
overall_header.html exclua a linha 
<!--top dock -->.
Abraço. 
